Fylkeskommunen tar seg av oppgaver som er for store til at hver kommune kan klare dem alene, eller saker som går på tvers av kommunene.

Fylkeskommunen arbeider for at hele regionen vil være et attraktivt og godt sted å bo, arbeide og leve i, og at det også vil være et trivelig og spennende reisemål. Økt verdiskaping og bærekraftig utvikling er nøkkelord i denne sammenheng.

Fylkeskommunen har bl.a. ansvaret for regional utvikling, videregående utdanning, fylkesveier og offentlig transport inklusiv skoleskyss,  offentlig tannhelsetjeneste, kulturminnevern, fylkesbibliotek, friluftsliv, fordeling av tippemidler og støtte til næringslivet.

De største arbeidsområdene er videregående utdanning og offentlig tannhelsetjeneste. Troms fylkeskommune har ansvaret for og driver 16 videregående skoler som har ca. 5700 elever pr. år og 1400 tilsatte.

Tannhelsetjenesten har 25 fast betjente klinikker, 1 sykehusklinikk, og 4 ambuleringsklinikker i tillegg til tannhelsetjenestens kompetansesenter for Nord-Norge som ligger i Tromsø.

Fylkestinget vedtok 14. oktober 2004 at Troms fylkeskommune skal ha parlamentarisk styringsform, dvs. at administrasjonen ledes av fylkesrådet. Fylkesrådet utnevnes av fylkestinget og har en tilsvarende funksjon i forhold til fylkestinget som Regjeringen har i forhold til Stortinget. Fylkesrådslederen er den øverste administrative lederen i Fylkeskommunen.

Her er en grafisk presentasjon av den administrative organiseringen i Troms fylkeskommune.