Innovasjons- og utviklingsavdelingen har ansvarsområdene reiseliv, akvakultur og seljakt, fiskeri og landbruk, industri- og teknologiutvikling, Interregordningen, innovasjonsinfrastruktur og omstilling.
Avdelingen arbeider med innovasjonssystemer og nettverk, initiering av næringsrettede tiltak, Internasjonalt programarbeid og strategiske næringssatsinger.
RDA-sekretariatet tilhører denne avdelingen. RDA 2-ordningen har egen hjemmeside med informasjon om ordningen.
Avdelingen arbeider opp mot Innovasjon Norge Troms og den delen av de regionale utviklingsmidlene som Innovasjon Norge Troms er operatør for (bedriftsrettede virkemidler).
Leder for innovasjons- og utviklingsavdelingen er Anne Hjortdahl.